北京军颐中医医院作为以中西医结合治疗各类疑难杂病为综合特色的现代化中医医院，设有内科、精神科、康复医学科(门诊服务)、外科、妇产科、妇科专业、儿科、皮肤科、麻醉科、医学检验科、临床体液、血液专业、临床化学检验专业、临床免疫、血清学专业、医学影像科、x线诊断专业、磁共振成像诊断专业、超声诊断专业、心电诊断专业、脑电及脑血流图诊断专业、神经肌电图专业、中医科、内科专业、外科专业，妇产科专业、儿科专业、皮肤科专业、骨伤科专业、肛肠科专业、老年病科专业、针灸科专业、推拿科专业、康复医学专业、中西医结合科，神经肌电图专业等科室，医院遵循“以患者为中心”诊疗理念，针对各种疑难疾病，制定规范化、个体化综合治疗方案。
